الثاني في كائنات الجوّ، والفصل الثالث في المعادن، والفصل الرابع في النبات، والفصل الخامس في الحيوان، والفصل السادس في الإنسان.

وأمّا القسم الثالث فهو مرتَّب على ثلاثة فنون وخاتمة: الفنّ الأوّل في تقاسيم الوجود، الفنّ الثاني في العلم بالصانع وصفاته، والفنّ الثالث في الملائكة، والخاتمة في أحوال النشأة الأخرى.

الفنّ الأوّل مشتمل على سبعة فصول. وتفصيلها: الفصل الأوّل في الكليّ والجزئيّ، والفصل الثاني في الواحد والكثير، وفيه هداية واحدة أيضا، والفصل الثالث في المتقدّم والمتأخّر، والفصل الرابع في القديم والحادث، والفصل الخامس في القوّة والفعل، والفصل السادس في العلّة والمعلول، وفيه هداية واحدة أيضا، والفصل السابع في الجوهر والعرض.

والفن الثاني مشتمل على عشرة فصول، وتفصيلها: الفصل الأول في إثبات الواجب لذاته، والفصل الثاني في أنّ وجود واجب الوجود نفس حقيقته، والفصل الثالث في أنّ وجوب الوجود وتعينه عين ذاته، والفصل الرابع في توحيد واجب الوجود، والفصل الخامس في أنّ الواجب لذاته واجب من جميع جهاته، والفصل السادس في أنّ الواجب لذاته لا يشاركه الممكنات في وجوده، والفصل السابع في أنّ الواجب لذاته عالم بذاته، وفيه هداية واحدة أيضا. والفصل الثامن في أنّ الواجب لذاته عالم بالكليات، والفصل التاسع في أنّ الواجب لذاته عالم بالجزئيات المتغيرة على وجهٍ كليّ، والفصل العاشر في أنّ الواجب مريد للأشياء وجوّاد.

الفن الثالث يشتمل على أربعة فصول، وتفصيلها: الفصل الأول في إثبات العقل، الفصل الثاني في إثبات كثرة العقول وفيه هدايتان أيضا، الفصل الثالث في أزلية العقول وأبديتها، الفصل الرابع في كيفية توسط العقول بين الباري تعالى وبين العالم الجسماني.

خاتمة في أحوال النشأة الأخرى: وفيها ستّ هدايات.